在经期内，大多数子宫内壁组织和血液都将通过子宫颈流入阴道，但少部分该组织也会经由输卵管进入骨盆。在患有子宫内膜异位的女性体内，这些细胞在盆腔中几乎无法清除。
子宫内膜异位着床的早期病灶形如分散在骨盆表面小而扁平的斑块，疱疹或斑点。这些斑点有透明，白，棕，红，黑或蓝六种颜色。子宫内膜异位的严重性和病发过程非常难以预料，一些女性的子宫内膜异位着床病灶可见于骨盆，腹膜或盆腔器官的表面，这些病灶也可能会侵入腹膜并长出结节。
子宫内膜异位可能以着床病灶的形式在卵巢表面生长或在侵入卵巢后发育出充血的囊肿，称为子宫内膜瘤或“巧克力囊肿”。之所以称为巧克力囊肿，是因为它们内部的血液将在一段时间后转为暗红褐色。这些囊肿可能小如豌豆，亦或长得大过葡萄柚。
子宫内膜异位可能刺激周围的组织并在内部产生称为粘连的瘢痕组织。粘连可将盆腔器官黏为一体并完全包住，或甚至粘连到附近的肠道。粘连可能会阻止输卵管在卵巢排卵期接收卵子。
子宫内膜异位也可能生长在肠道壁或介于阴道和直肠间的组织中。
子宫内膜异位症四阶段高达10%的女性可能患上子宫内膜异位。大多患有子宫内膜异位的女性少有或毫无任何症状，一些女性会出现严重的痛经，慢性盆腔痛或性交痛，而在其他患有子宫内膜异位女性身上出现的唯一症状可能就是不孕不育。女性通常在因持续性卵巢囊肿或其他病因接受骨盆手术时才诊断出子宫内膜异位。
子宫内膜异位会影响已生育的女性，也会发生在青少年及青年女性身上。一些专家认为子宫内膜异位可能更常见于从未怀过孕的女性，24%至50%的不孕不育女性和超过20%的有慢性盆腔疼痛的女性可能患有子宫内膜异位。
根据子宫内膜异位着床病灶的位置，范围和深度，粘连的存在情况和严重程度，以及卵巢子宫内膜瘤的存在情况和大小，子宫内膜异位可分为四个阶段（I-轻微，II-轻度，III-中度，IV-重度）。
多数女性有轻微或轻度的子宫内膜异位，表现为浅表性着床和轻度粘连。中度和重度子宫内膜异位则表现为巧克力囊肿和更为严重的粘连。子宫内膜异位的阶段与症状的存在和严重程度无关；但IV期重度子宫内膜异位很可能导致不孕不育。
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